تُعَد وحدة التحقيق من الوحدات الأساسية التي يعتمد عليها مركز تراث الجنوب في عمله؛ لما لها من أهمية علمية وفنية في الكشف عن الكنوز الدفينة للتراث الجنوبيّ الثرّ في المحافظات الأربع (ذي قار، وميسان، والمثنى، والديوانية )، وإخراج هذا التراث عن طريق تحقيقه، أو المساعدة على تحقيقه.
يبلغ ملاكها من المنتسبين (14) منتسبًا على وفق الهيكلية الأساسية للمركز، وبالنظر لحداثة تأسيس المركز فإن عدد الموجودين حاليًّا (5) منتسبين. ويشتمل عمل الوحدة على تحقيق المخطوطات ذات الموضوعات التي تتعلق بتراث الجنوب في المحافظات الأربع المذكورة، أوالتي ألفها أحد علماء الجنوب في الموضوعات المتنوعة (الدينية،والتاريخية، واللغوية، والأدبية)وغيرها من جوانب المعرفة، وتقوم بالتقويم العلميّ واللغويّ للتحقيقات الوافدة إلى المركز من محققين خارجيين، وكذلك سعيها للبحث عن المخطوطات في كتب الفهارس، وفي المكتبات الدينية أو الشخصية، أو المخطوطات الموجودة لدى الأُسر العلميّة، فضلا عن المخطوطات ذات الصبغة الجنوبيّة المنشورة في المكتبات الإلكترونيّة، وهذا في الأصل هو عمل وحدة الفهرسة، وبما أن وحدة الفهرسة لمّا تُفتح إلى الآن؛ لذلك عُهِد بهذه المَهَمّة إلى وحدة التحقيق، و يقوم باحثو وحدة التحقيق بالعمل خارج مجال التحقيق؛ لأن العمل بالمركز هو عمل تفاعلي وتكاملي، نحو قيامهم بكتابة الأبحاث التي يرفدون بها مجلة المركز (مجلة تراث الجنوب )، أوبكتابة المقالات في المجلة العامة (مجلة مهد الخليل)، أو يمارسون التقويم العلمي أو اللغوي لبعض الأبحاث أو الدراسات أو الكتب، و تقوم الوحدة بالإسهام في وضع الخطة الفصلية والسنوية للمركز فيما يتعلق بوحدة التحقيق، ومناقشة بعض المفاصل الأخرى في المركز.

هذا ما تحدّث به مدير مركز تراث الجنوب الدكتور حسين الشرهانيّ لشبكتنا، وأضاف: "إن آلية عمل وحدة التحقيق تكون ضمن مسارات متعدده. إذ تقوم- في أحد هذه المسارات- بتحقيق المخطوطة عن طريق أحد منتسبيها، أمّا المسار الثاني فهو أن تأتي المخطوطة محققة من باحث خارجي ، وأمّا الثالث فهو أن تتعاقد الوحدة مع باحث خارجي ليقوم بتحقيق مخطوطة، فهذه ثلاثة مسارات لعمل الوحدة. ويتخذ العمل في وحدة التحقيق بالمجمل الخطوات التالية:
1. البحث عن المخطوطات الجنوبية في كتب الفهارس، والمكتبات، ثم استحصالها.
2.دراسة المخطوطة؛ لبيان مدى صلاحيتها للتحقيق.
3.طباعة المخطوطة، ثم التدقيق الطباعي لها .
4.إجراء عملية المقابلة أي: مقابلة المطبوع مع المخطوطة.
5.القيام بعملية التحقيق فيما يتعلق بالمتن ونصوصه، والهامش وتخريجاته.
6.كتابة مقدمة التحقيق والدراسة المتعلقة به .
7.صناعة الفهارس الفنية.
وإلى هنا تكون المخطوطة محققة؛ فتتبعها خطوات تقويمية أخرى:
8.إرسال هذا التحقيق إلى المقوم العلمي؛ لكتابة الملاحظات التي تتعلق بالجوانب التحقيقية، والعلمية، والمنهجية، ويتبع ذلك إجراء التصحيحات والملاحظات اللازمة.
9.إرسال العمل التحقيقي إلى المقوم اللغوي؛ لإجراء التصحيحات اللغوية اللازمة.
10.إرسال الكتاب المدقق علميًّا ولغويًّا إلى قسم شؤون المعارف الإسلامية والإنسانية، لإجراء التقويم النهائي له في اللجنة المخصصة لذلك، ثم تقوم وحدة التحقيق بالعمل على انجاز الملاحظات والتوصيات التي تبديها اللجنة".

الجدير بالذكّر أنَّ مركزَ تُراث الجنوب هو أحد الأقسام التابعة لقسمِ شؤونِ المعارفِ الإسلاميّةِ والإنسانيّةِ في العتبةِ العبّاسيّةِ المُقدّسةِ، ويُعنى بإحياءِ التُراثِ الجنوبيّ، تحقيقًا وتأليفًا وفهرسةً ودراسةً وإعلامًا.